دستگاه ايمني سالم مي‌تواند در برابر ميكروب‌ها، باكتريی ها، ويروس‌ها، قارچ‌ها و ديگر عوامل بيماريی زا از انسان محافظت كند. اما چنانچه مشكلی در اين سيستم وجود داشته باشد، بدن مستعد عفونت و بروز بيماری مي‌شود, بيماريی هاي نقص ايمني نيز همان‌طور كه از نامشان پيداست به دليل وجود مشكلي در سيستم دفاعی بدن ايجاد خواهند شد. برای پیشگیری از انتقال بیماری ها و ویروس ها در استخرها باید بهداشت فردی و اجتماعی را رعایت کرد.اگر استفاده از استخر با توجه به اصول بهداشتی نباشد، می تواند برای فرد مشکلاتی را به وجود آورد، چرا که استخر یک مکان عمومی است و با سلامت همه افراد ارتباط دارد.

رعایت نکردن بهداشت فردی در استخرها موجب انتقال بیماری های عفونی می شود .  اگر فردی مبتلا به بیماری های پوستی، قارچی و عفونی است باید از مراجعه به استخر خودداری کند. دوش گرفتن قبل و بعد از شنا، استفاده از کلاه شنا، حوله، دمپایی شخصی، بسیار ضرورت دارد گفت: به هیچ وجه استفاده از وسایل دیگران یا اجاره کردن این وسایل توصیه نمی شود.
با در نظر گرفتن  این نکته که در صورت رعایت نکردن بهداشت، آب استخر می تواند موجب انتقال بیماری ها شود،  والدین باید به فرزندان خود بیاموزند که از ادرار کردن در آب استخر خودداری کنند، زیرا این کار علاوه بر ناپسند بودن ،موجب بروز عفونت های روده ای، انگلی و قارچی می شود.
 همچنین در صورتی که میزان کلر استفاده شده در آب استخرها، زیر حد استاندارد باشد، باکتری های گرم منفی روده ای موجب بروز اسهال های عفونی می شوند و در صورت خوردن آب و تماس دست با آب آلوده، اسهال، استفراغ، تب و عفونت روده ای در فرد بروز می کند. این مشکل در کودکان بیشتر است.  در صورتی که این افراد قبل از رفتن به استخر دوش نگیرند، آب را آلوده کرده و انگل ها را که با چشم قابل رؤیت نیستند،در آب پخش می کنند و درنتیجه موجب بروز این بیماری در دیگران با علایم دل درد، تهوع و استفراغ می شوند.
  نکته مهم دیگر عفونت های قارچی است که در محیط های گرم بیشتر زندگی می کنند و معمولاً در چین های بدن مثل زیر بغل و کشاله ران مشاهده می شود و در صورتی که فرد مبتلا به این عفونت ها به استخر برود موجب آلودگی آب و انتقال بیماری به دیگران می شود، پس ضرورت دارد افراد از مصرف وسایل مشترک یا اجاره ای همانند حوله، مایو، دمپایی و غیره خودداری کنند.
  البته این مسائل نباید موجب ترس از مراجعه به استخر شود و افراد را از شنا کردن منصرف کند. بلکه باید بیشتر به رعایت بهداشت فردی و اجتماعی توجه کرد و مسئولان استخرها نیز باید به تناوب و بسته به میزان استفاده، آب استخر را عوض یا ضدعفونی کنند.